Theo Bộ Kế hoạch và Đầu tư (KH&ĐT), ước tính đến cuối năm 2020, toàn vùng ĐBSCL có 3.037 hợp tác xã (HTX), tăng 1.184 HTX (tương đương 64%) so với năm 2011. Vùng ĐBSCL có số lượng HTX đứng thứ 3 trong 6 vùng kinh tế; sau vùng đồng bằng sông Hồng (với 7.392 HTX) và vùng Bắc Trung Bộ và Duyên hải miền Trung (với 5.890 HTX). Những năm gần đây, ĐBSCL xuất hiện nhiều mô hình tổ hợp tác, HTX gắn với liên kết theo chuỗi giá trị như: HTX Bưởi da xanh tỉnh Bến Tre; HTX Gò Gòn huyện Tân Hưng, HTX thanh long Tầm Vu, tỉnh Long An; HTX Artemia Vĩnh Châu, tỉnh Bạc Liêu; HTX xoài Cát Chu An Lộc, HTX dừa sáp Trà Vinh, tỉnh Trà Vinh; HTX vận tải Đảo Ngọc Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang...