Vòng chung kết (VCK) Giải Bóng đá Thiếu niên toàn quốc – Yamaha Cup 2020 sẽ diễn ra tại TP.Vinh (tỉnh Nghệ An) từ ngày 3 – 16-10-2020 với sự góp mặt của 16 đội bóng gồm: Hải Dương, Hà Nội, PVF, Than Quảng Ninh (khu vực I); T&T VSH, SHB Đà Nẵng, Thừa Thiên Huế, QNK Quảng Nam (khu vực II); Bình Dương, Tây Ninh, HAGL, Đắk Lắk (khu vực III); Long An, Sài Gòn FC, Đồng Tháp (khu vực IV) và chủ nhà Sông Lam Nghệ An. Dự kiến, các đội tại VCK được chia thành 4 bảng thi đấu vòng tròn tính điểm, qua đó chọn 2 đội nhất, nhì mỗi bảng vào vòng đấu loại trực tiếp (tứ kết).